AEGEE-le pandi alus Pariisis 16. aprillil 1985. aastal, kui toimus Franck Biancheri juhitud konverents nimega EGEE I, mille eesmärgiks oli eurooplaste halvatusest üle saada. Peagi kujunes konverentsist noorteorganisatsioon, mille nimeks sai esialgu EGEE. 1988. aastal võeti kasutusele praegune nimekuju, vältimaks kokkulangevust samanimelise (EGEE) prantsuse firmaga. Sellest ajast alates hakkas võrgustik kiirelt arenema.
Pärast Berliini müüri langemist areneti ka ida suunas ning see areng pole tänini lakanud. Hetkel on idapoolseim haru Uurali mäestiku läänenõlvadel asuv Ufa linn. Edasine areng hõlmas ka tõsisemaks ja professionaalsemaks muutumist, isegi peakorter koliti väiksest Delfti (Holland) kontorist Brüsselisse, kus see asub ka praegu, olles nii erinevatele Euroopa institusioonidele lähedal.
Järgnevat progressi iseloomustab demokraatiateemaliste projektide elluviimine; uute harude massiline tekkimine ning suur hulk kohalikke üritusi igas Euroopa nurgas.
